अखिल भारतीय स्तर पर कंटेनर रेलगाडि़यों को चलाने के लिए भारतीय रेलवे से श्रेणी-1 लाइसेंस के अधीन, केभनि वर्तमान में लोनी (दिल्ली) – जे.एन. पोर्ट (नवी मुंबई) और लोनी-मुंद्रा के बीच एक्जिम कंटेनरों का परिवहन करने वाली कंटेनर रेलगाडि़यों का प्रचालन कर रहा है। केभनि इन क्षेत्रों में करीब 300 गाड़ियां चलाता है और वर्ष में करीब 26,000 टीईयू माल का ढुलाई करता है। यह पीपीपी मॉडल पर लोनी और कालमबौली (नवी मुंबई) में कंटैनर रेल टर्मिनलों का संचालन भी कर रहा है।
अन्य ट्रेन ऑपरेटरों द्वारा सामान्य उपयोगकर्ता सुविधा के रूप में भी इन टर्मिनलों का उपयोग किया जा रहा है।